Bakom segern låg ett mål var av Arad Esmaili och Hanner Ruales Toro.
Segern var Skellefteå FF:s fjärde på de senaste fem matcherna.
Första halvlek var mållös, i andra halvlek var Skellefteå FF det starkaste laget.
För Boden gör resultatet att man nu ligger på sjätte plats i tabellen, medan Skellefteå FF är på tredje plats.
Nästa motstånd för Skellefteå FF är IFK Luleå. Lagen möts onsdag 28 maj 18.30 på Nyabvallen.