I ett uttalande sade Iraks militär att man i orten "Hawi al-Azim kunnat lokalisera en terrorgrupp som genomförde räden" mot militärbasen.
Flygvapnet uppgav att attackerna mot de misstänkta terroristerna genomfördes med stridsflyg av typ F-16 och att insatsen fortfarande pågick sent på lördagen.
Insatsen i Irak sker samtidigt som uppgifter förekommer om drabbningar mellan IS-grupper och kurdiska styrkor runt fängelset Gwhayran i Syrien, som tillfälligt intogs i en terrorräd av IS.