Varningen gäller havet längs Norrlandskusten under de närmaste timmarna. I Furuögrund har vattennivåerna nått 110 centimeter över det normala.
– Det är det här stormlågtrycket som har påverkat hela Sverige med kraftiga vindar som trycker upp vattnet i Bottenviken, säger Lisa Lind, oceanograf vid SMHI.
Enligt prognosen kulminerar nivåerna vid lunchtid på måndagen för att börja sjunka under eftermiddagen.
– Det fortsätter att gå neråt så långt jag kan se. Framåt morgondagen har vi gått under vår klass 1-nivå, så vattnet sjunker undan.
Lisa Lind uppmanar de med båtar eller bodar i strandnära lägen att titta till dem då det finns risk för översvämning.
Även om SMHI har gått ut med en klass 2-varning, den högre varningsklassen, så rör det sig inte om exceptionella vattennivåer.
– Det här händer inte jätteofta men ett par gånger per år. Bottenviken har en lång sträcka för vattnet att tryckas upp. Så det är högt, men inga extremnivåer.
Det finns också stora vattensamlingar på vägarna i främst Västerbottens kustland under måndagen, med risk för vattenplaning.