Matthias Schrader
Merkels eget parti CDU har under mycket lång tid varit i koalition med systerpartiet CSU som sedan länge styr i den viktiga delstaten Bayern.
Koalitionen har setts som grundmurad, men nu står det klart att CSU-ledaren Horst Seehofer kommer att lämna sin post som ministerpresident och regeringschef i Bayern.
Tyska medier rapporterar att han efterträds av Markus Söder, som hittills har fungerat som finansminister i delstaten.
Hård kritikSeehofer har kritiserats hårt efter partiets katastrofsiffror i det senaste förbundsdagsvalet.
I stället blir det nu Söder som ska utforma partiets politik - vilket kan ställa till med problem för Merkel.
Det är främst migrations- och flyktingpolitiken som det kommer att bli svårt att enas kring i de framtida regeringsförhandlingarna.
Söder har sagt att han "inte kan föreställa sig" att gå med i en ny koalition med CDU om inte antalet flyktingar som släpps in i landet begränsas kraftigt.
Många förlorade rösterI valet i september förlorade CSU många röster till det högerpopulistiska partiet AFD. Seehofer fick delvis skulden för detta av partiets anhängare. Många menade att han borde ha tvingat Merkel att sätta en gräns för flyktinginvandringen.
Merkel sonderar just nu med Socialdemokraterna (SPD) om att bilda en ny regering. Och SPD har börjat lista sina krav inför regelrätta förhandlingar. Flera av kraven går åt motsatt håll jämfört med Söders linje. Bland annat kräver partiet att ett tillfälligt stopp för vissa typer av familjeåterföreningar för flyktingar hävs inför nästa år, skriver nyhetsbyrån Reuters efter att ha läst ett internt partidokument.