Lånestödet gavs, tillsammans med den norska och danska staten, i samband med räddningsplanen hösten 2012. Kommissionen tvivlar på att stödkrediten gavs på marknadsmässiga villkor.
Lågprisflygens branschorganisation Elfaa, där exempelvis Norwegian, Sverigeflyg och Ryanair ingår, har flera gånger de senaste åren uppmanat EU-kommissionen att granska de skandinaviska ländernas stöd till SAS, som organisationen hävdar bryter mot reglerna om statsstöd och snedvrider konkurrensen på flygmarknaden.
I höstas hade SAS allvarliga finansiella problem. Bankerna var ovilliga att förlänga krediterna. Tillsammans med huvudägarna, svenska, danska och norska staten samt Wallenbergsstiftelserna, enades bankerna till sist om en ny kredit på 3,5 miljarder kronor. EU-kommissionen ifrågasätter alltså om detta skedde på marknadsmässiga villkor eller om det ska klassas som otillåtet statsstöd.
Enligt Danmarks finansminister Bjarne Corydon är det inte tal om något statsstöd.
"Vi anser fortfarande att vårt deltagande i kreditunderlättandet klart kan motiveras av rent företagsmässiga överväganden och att vi därmed har agerat som en marknadsekonomisk investerare. Därför anser vi inte att det är tal om statsstöd", säger han i en skriftlig kommentar till nyhetsbyrån Ritzau.
EU-kommissionen har också undersökt om tidigare statliga ägartillskott, 2009 och 2010, bröt mot förbudet om statsstöd. Men där frias staterna eftersom det anses att dessa åtgärder skedde på marknadsmässiga villkor.
Kommissionären med ansvar för statsstödsfrågor, Joaquin Almunia, säger på en presskonferens i Bryssel att kommissionen funnit att flera av de anmälda åtgärderna ryms inom regelverket. Men en åtgärd i räddningsplanen, kreditfaciliteten från i höstas, reser frågetecken om det är otillåtet statsstöd.
- Vi hyser starka tvivel om den och därför måste vi inleda en fördjupad granskning, säger Almunia.
Malin Selander, pressansvarig på SAS, säger att bolaget inte har någon kommentar till kommissionens granskning så länge undersökningen pågår.
- Men det är viktigt att framhålla att vi i förra veckan meddelade att vi förhandlat ner kreditfaciliteten från 3,5 miljarder kronor till 2 miljarder. Det visar att vi levererar resultat enligt sparplanen. Dessutom har vi inte vid något tillfälle behövt utnyttja garantin, säger Malin Selander.